Se cree que haya estado ocupado sucesivamente por suevos e visigodos hasta la conquista por los musulmanes en los finales del siglo VIII o inicio del siglo IX.

En la época de la Reconquista cristiana de la Península Ibérica, las tropas del rey Afonso I de Asturias alcanzan, ya en 857, el curso del rio Duero y la línea Salamanca-Segóvia. En el año 1093 los límites orientales de Galicia incluyen el trozo mirandés del rio Duero, lo mismo pasa cuando el condado portucalense se desmiembra del territorio gallego, sucesivamente gobernada por el conde Don Henrique, por su viuda, la condesa D. Teresa, e por el hijo de ambos, D. Afonso Henriques.

En este período la defensa de la población estaba asegurada por un castillo, que ha sido arruinado por las luchas de la Reconquista. Por eso, ha sido objeto de atención del primer soberano portugués cuando este, entre las campañas de Galicia, interrumpidas en 1135 e retomadas en 1137, aprovechó este breve período de paz para restaurar castillos, monasterios e iglesias en lugares estratégicos como Miranda do Douro.

Para incrementar la defensa de su poblamiento, la población recibió aforamiento en 1136, constituyéndose en local de coto y refugio. De ese modo, la población fue creciendo en torno al castillo, recibiendo al final del reinado de este soberano o de su sucesor, D. Sancho I (1185-1211).

En las luchas combatidas por D. Sancho y su hijo e sucesor, D. Afonso II (1211-1223), con Afonso IX de León, aquel en el último año del siglo XII y este al final del primer cartel del siglo XIII, las tierras de Miranda han sido asoladas por leoneses, que solo devolvieron el castillo en 1213. El foral de la villa viene confirmado en Coímbra, en 1217. Bajo el reinado de D. Dinis (1279-1325), la población tuvo su foral confirmado, con el privilegio de nunca salir de la Corona (Santarém, 18 de Diciembre de 1286), siendo las defensas de la villa e su castillo reedificadas (1294), un período en que este monarca invadió victoriosamente Castela Velha por Castelo Rodrigo, avanzando hasta Salamanca y Medina del Campo, y obteniendo la rectificación de la frontera con el Tratado de Alcañices (1297).

Desde entonces, las defensas de Miranda, mejoradas, asumieran el aspecto de grandeza y solidez constructiva de que la muralla de la ciudad, con sus puertas torreadas, y el castillo, a través de sus ruinas, son testigos.

De entre las campañas de mejoramientos, se destaca la de D. João (1385-1433), que desde su aclamación como regente tuvo a su lado los representantes de los Távoras, prominente familia en Miranda do Douro y de cuyo castillo ha hecho alcaide-mor, ya como reye, en 1385, a Pedro Lourenço de Távora.

Por haberse alineado al partido de D. João I e por la escasez de moradores la villa fue ocupada por diversas ocasiones, durante el desarrollo de la campaña militar que se siguió, por el poder de las fuerzas castellanas.

Así, con el objetivo de incrementar el poblamiento, el monarca instituye ahí el privilegio del coto para sesenta refugiados (1402), a quienes concede, en los años subsecuentes, otros privilegios. Bajo el reinado de D. Manuel I (1495-1521), las defensas se encuentran modeladas por Duarte de Armas (Libro de las Fortalezas, c. 1509), época en la que recibió el Foral Nuevo, pasado en Santarém el 1 de Junio de 1510. La paz con los castellanos ha traído gran prosperidad a la villa, que se ha tornado uno de los más importantes centros de comercio entre los dos países. Miranda do Douro se vuelve diócesis e es elevada a la categoría de ciudad (Carta Regia de 10 de Julio de 1545).

Durante este primer periodo episcopal, de mediados del siglo XVI hasta mediados del siglo XVIII ha gozado su mayor esplendor, como capital de Trás-os-Montes, único obispado de la provincia e importante centro militar.

Los acontecimientos militares posteriores vendrían a causar su decadencia, acentuada por la pérdida definitiva de su categoría episcopal.

De la guerra de la Restauración hasta nuestros días

En el contexto de la guerra por la restauración de la independencia portuguesa, víctima de los asaltos españoles entre 1640 y 1646, la ciudad fue muy perjudicada, viniendo a vivir la paralización de la agricultura y del comercio, sus principales fuentes de renta. A partir de 1644, el Consejo de Guerra de João IV de Portugal (1640-1656) determinó la modernización y refuerzo de sus defensas, cuando ganó líneas abaluartadas, adaptadas a los tiros de la artillaría de la época.

Los Távora eran, en la época, alcaides-mores del castillo, contribuyendo mucho para la defensa transmontana, dignidad que mantuvieran hasta las ejecuciones en Belén. De entre los episodios bélicos del periodo se destaca el cerco impuesto por las tropas españolas a la ciudad en 1646, del cual solo seria libertada por acción del Gobernador de la Provincia, Rodrigo de Alarcão.

Más tarde, en el contexto de la Guerra de Sucesión Española, la ciudad fue tomada por traición y su guarnición aprisionada (8 de julio de 1710). El crimen fue perpetrado por el sargento-mor Pimentel que la entregó a Alexandre Maître de Bay, marqués de Bay, por la cuantía de 600 doblones.

El contra-ataque portugués ocurre el año siguiente, cuando la ciudad fue cercada por tropas de D. João Manuel de Noronha, conde de Atalaia. Tomando al asalto las obras exteriores, abren una brecha en las murallas, recuperando la ciudad y aprisionando la guarnición española (15 de abril de 1711).

En el contexto de la Guerra de los Sete Años, la campaña de 1762, la provincia de Trás-os-Montes fue invadida y saqueada por las tropas españolas bajo el comando del general Nicolás de Carvajal y Lancaster, marqués de Sarriá.

Un nuevo cerco fue impuesto a Miranda do Douro, manteniendo incansable resistencia hasta que la explosión de 1.500 arrobas de pólvora en uno de los páyales devasta su castillo, causando extensos daños en las casas y las murallas, y haciendo victimas cerca de 400 personas (8 de mayo de 1762). En función del siniestro evento, la ciudad viene a rendirse. Aunque el apuramiento de los factos jamás haya apuntado un responsable, la opinión popular ha imputado al Gobernador Militar de la plaza, la traición, habiendo quien afirmase haber visto al mismo aflojarse al campo enemigo en la ocasión.

La ciudad viene a ser recuperada por las tropas portuguesas, bajo el comando del conde de Lippe, en el año siguiente, y la paz se firma el día 10 de noviembre de 1763. Medio siglo más tarde, la ciudad entraría, una vez más, en estado de alerta, esta vez en el contexto de la Guerra Peninsular, objetivo de las tropas napoleónicas.

Sus ruinas están clasificadas como Patrimonio Inmóvil de Interés Público por Decreto publicado el 20 de Octubre de 1955.